無駄じゃない
客自身に選択させることで余計なトラブルは避けられる
電子マネーとはいえお金
特に昔から扱えるものが多いローソンはなるべくトラブルの種になるものは避けたい

プログラミング的なことをいえば
電子決済のicを読み込んだ時「選択肢が一つしか無かったらタッチを飛ばす」という命令を入れることによって
レジを動かしてるプログラムの容量も増え処理も遅くなる可能性がある