楽器は正弦波を出しているわけではないので、単一の周波数でコンデンサの
特性は変わらないといってもあまり意味は無いですよね。
同じ楽器を弾いていてピッキングの強弱で音色に変化をつけるなんてことは
素人でもやることです。この場合なぜ音が変わるかというと倍音構成が変化
してるから変わるわけです。おなじAの音を出していても強く弾いた場合と
弱く弾いた場合では音の大小だけでなく明らかに音質が変わるでしょ？

この倍音構成の変化をコンデンサがやっていると考えれば程度の差こそあれ
音は変わると考えてよさそうですね。
よく知られている例では電源回路の平滑化に大容量の電界コンデンサを使い
ますけど、電源周波数の数十倍ぐらいまではリップルを落とす効果はあっても
高周波ノイズには効果はありません。そのため高周波特性の良いセラミックコ
ンデンサを並列に入れたりするわけです。
一般にコンデンサは周波数が高くなるにしたがってインピーダンスが０に近づく
ことになってますが、実際のコンデンサではこれはある帯域に限られます。
ある周波数以上ではインピーダンスは逆に上昇することが知られるし、容量性
を持つ範囲であっても直線的なインピーダンス変化はしませんし、だいたい容
量性を持つこと自体基音に働くインピーダンスと倍音に働くインピーダンスは
違うことになりますよね。

あまり長々と書いてもしょうがないのでアレですが。。。
それぞれ特徴的な周波数特性をもつコンデンサを変えても音が変わらないと
いうのは、同じ音階の音を出していればピアノでもギターでも音は変わらないと
言っていることに近いですよ。（極端だけどね）