暫定的だけど出来ました。
使用ソフト DVD Decrepter VOBMerge

1.DVD Decrepterのツール→各種設定→IFOモードでファイル分割をChapterごとに変更し、
　IFOファイルをコピーのチェックを外す。(チェックを外していないと毎回上書きを聞かれ面倒)
　IFOモードにしてPGC2のChapter1〜のチェックの所を右クリックして選択しない(Y)で
　全て解除し7、Chapter1から1個づつチェックをし抽出する。VTS_01_CHAPTER_01_1〜
　(このとき複数のChapterを選択しても1つ目のChapterしか抽出できないようになっています。)

2.PGC1を抽出。この時上書きするか聞いてくるので名前の変更を選択。
　VTS_01_CHAPTER_01_1(1)が出来る。(警告文)

3.FILEモードにしてVIDEO_TS(IFO)とBUPファイル2種、VTS_01_0(VOB)(IFO)を抽出。

4.1のVTS_01_CHAPTER_01_1(1)〜のメイン動画をVOBMergeを使って結合していく。
　結合の仕方は自由で良いと思いますがチャプターで抽出しているので
　そのシーンごとに結合すると分かりやすいです。
　結合した物はmerged1から2層でmerged8ぐらいになると思います。
　merged1〜をVTS_01_1〜に名義変更します。

5.今まで出来たものをVIDEO_TSフォルダに収納していく。
　完成型 上から
　VIDEO_TS.BUP、VIDEO_TS、VTS_01_0.BUP、VTS_01_0(IFO)、VTS_01_0(VOB)〜となります。
　
今回のやり方は以前の物と違い完コピではありません。
メイン動画、チャプター選択は出来ますが2つ目以降のチャプターの
スタートがずれるので妥協できない人にはオススメしません。
1の作業も1つにかかる時間は短いですが数が多いので非常に面倒です。
猿のアップデートを待つ、もしくはもう買わないのが利口かもしれません。
4月分とは違いパソコンでの再生も不備がある気がします。