TMPGEncの編集画面でノイズ出でいるって話なので、リップデータにノイズ込みは確定っしょ

エラーがランダムなのは気になるけど、他のタイトルで出ないならBDのプレスミスの可能性も考慮した方が良くないか？
後、PCが2台共通で発生しているなら、共通点で絞り込そうだが
ドライバ(フィルタードライバ含む)とか
因みに、俺のリップ環境はP45+ICH10R(SATAはIDEモード)+π203(既に取り外し)or206M(現在)で問題無い

あー、そうそう、ウイスルZERO入れているなら、悪さしている可能性もあるかもね
既に、全PCから排除したので、現在は直っているかもしれないけど
11にverupされてから、すさまじく調子悪くなったし
光学ドライブの監視OFFにしても割り込んでいるから、何が起きてもおかしくない