409へコメント：
最もベーシックなフリーウェアtsMuxeRを使えば良い。再多重化(remultiplexing)を行うことにより、不連続なタイムコードが連続的なものに振りなおされる。
tsMuxeRによる再多重化とは、m2ts -> m2tsのこと。再エンコードではなく再多重化なので、処理時間はファイルコピー程度で済む。