>>418
XMediaRecodeを使ってみてはどうですか？

ファイル形式をm2ts、ビデオコピーにチェック、音声をコピーで作り直した
m2tsファイルだと再生時間が正しく表示されます。
映像、音声ともにコピーなのでエンコードはされてない筈です。
ただし、1〜2秒ほど再生時間が変わる（音ずれはしていないみたい）なので気にしなければですが。

私の場合、リップしたm2tsファイルをDLNA経由でPS3で再生させると
再生時間表記の問題でシーンサーチが上手く機能しないのをなんとかしたくて、
いろいろ試行錯誤した結果この方法にたどり着きました。