>933さんのおっしゃったように
mpegの時間でググったところ、

yahoo知恵袋の
ttp://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1238994312
というログにヒットしました。

インフォメーション情報がmpegファイルに含まれていないことが原因で
時間の表示がおかしくなっているのではないか、ということでした。

記載のとおりAvidemuxというフリーソフトを使用して再エンコードをしたところ、
mpegファイルの時間を正常な値に戻すことができました。

いろいろ教えてくださった皆様、ありがとうございました。