>>726
どのチャプターがオープニングで、どこが不要な部分なのかがチャプター数値だけでは判別できず、
また仮にチャプターを途中から開始にしても、本編の冒頭に不要シーンがくっついてる場合は
切り離す指定ができませんでした。

これについてはFairUseWizardがおすすめです。パッチ登録も可能です。
エンコード前にプレビューウインドウもでて確認できますから。
Handbrakeは簡単でよいですがプレビューがないので、不要な部分を除く場合にはあわないかもしれませんね。