SATA カードは RAID機能とか入ってて間にファームが入ってたりしない?
SATA 1.5Mbps, 3.0Mbps? それぞれBDドライブとI/Fは?
PCIeスロットは何レーン? またブリッジやハブはかんでる?
チップセットは何?
ドライバはSATA native になってる? PATAのドライバじゃないよね?

あとメモリは多いほど良いよ、HDDもシークや回転待ちを内蔵キャッシュ
だけじゃまかないきれない。うちは6GBつんでるけどバッファキャッシュ
のおかげで結構快適。2GBくらいはキャッシュになっている。HDDへの書き
込みはCドライブを避けてもシーク・回転待ちは避けられないからrip時に
も有効だと思う。page in/out なんて起きたひには目も当てられないし
BDはスパイラルだし。もっとも今回は変わったのはICHかSATAカードかの
接続違いだけの様だから無関係だろうけど