コンボドライブをGMA4082Nに交換したところ、OS上では認識したのですが、異常に読み込みが遅い上に
DVDドライブにアクセスしようとOSまで重くなります。ATAPI→SATA変換基板で接続されています。
交換前のドライブは47-48ピンの導通が無かったのでスレーブと判断しました。
4082Nの方も47-48ピンの導通がないです。47ピンをマスクするとbiosで認識しなくなりました。
一応47-45ピンショートもやりましたが、ショートさせないとの同じ様に認識し読み込みが遅いです。
true imageのCDでは普通に起動できましたが、knoppixの5.1.1CDは異常に時間がかかったり、6.2DVDだと起動できなかったりです。

考えられる原因は、変換基板との相性か、オクで買った中古ドライブが壊れているか、ほかにどんなことが考えられますか？