Any DVD HD 6.5.1.0でBlackrain(日本盤)をリッピングしたもののうち、
本編のファイルのみに字幕をつけ、TMPGEnc 4.0 XPressで変換したいの
ですが、どうすればいいのでしょうか？

本編のみなら、変換できるのですが、字幕がないと理解しにくいので。