入力ファイル名(path)　（*.metaを書いて）　出力ファイル名(path)　をtsMuxeRに渡すだけだよ。
先日自動音声5.1分割ソフトを作った時に試した。
つうかさ、コンソールのソフトを使うときはソフトが出すヘルプを参照するでしょ。