いろいろ調べてたんですけど、どうもDIGAで録画した時点から
ずれてるようでした（BS朝日で確認）。
chotが云々というのは外れていたようです。失礼しました。

ただ、TS分離・再多重で改善された理由、PS3再生だと問題ない理由が
よく分からないです。
特定の放送TSが特殊な構成になっていて、DIGAがそれを過敏に
拾ってしまうということなんでしょうけど。

とりあえず、PS3再生で問題ないので、それで良しとすることにします。
スレ汚し失礼しました。