1枚のDVDに、４：３と１６：９の映像が混ざっているとき、
縦横比を正しくコピーする良い方法は無いでしょうか?

とりあえず、c2decで４：３指定と１６：９指定とで２回変換し、
その後vobtoolあたりで分割してから、
正しい縦横比になってるものだけ選んで張り合わせれば、
できないことは無いけど大変。