もう2年近くDVD Decrypter使ってて、今日初めて知ったことなんですけど
最初にRCE保護リージョンを2に設定しろってサイトとかに書いてあって
これを設定しないと問題ある？
今まで一層のものはDVD DecrypterでISOモードで取り出し、書き込み
二層のものはFILEモードで取り出し、DVD shrinkで圧縮またdecryptorで書き込みってやってて
特別不都合なかったんだけど（日本製のDVD再生機やPS2で普通に再生できる）

あと設定でI/Oのバッファサイズを上げた方が画質とか良くなりますか？