元の構造はどうなってるのよ？
VIDEO_TSとAUDIO_TSフォルダ以外があるわけ？
音楽PVのDVDとかだとJACKET_TSとかあったりするが
大抵は上記２つだけだと思うんだが。

ISOでもFileでも好きなようにリップしたら
そのまま圧縮すればOKなんじゃない！？
どうせ、メニュー画面から入って行くやつでしょ。

もしShrinkで圧縮中にハネられたら、そこから先は別の話だよね。