>>『体』という漢字のなかには、心、精神、魂といったものも含まれると考えている方が多いのでしょうか？
普通は文脈で判断する。
こころとからだ、のように表記している場合に心などが含まれていないと考える。
「からだが転がっている」というように書かれたときに自分がどう感じるかとか、そういうある程度のまとまりで言葉を見た方がいい。
>>あと、無機質なイメージもするのですか？
これも文脈。からだという言葉には死体という意味もある。
あとは心と体を明確にわけてあなたが書いているかどうか。それが読者にわかるかどうか。
>>生物の体は有機質だと思っていたのですが、漢字から受けるイメージは別物なのでしょうか。
ほとんど有機物で構成されている。だが無機物も混じっているので注意。

というか言葉単独のイメージにとらわれすぎじゃないかね。
言葉の意味は文脈で判断しないとダメ。
文法上、あるいは語法上絶対に間違っているというような場合もあるが、
今回の場合は読まれ方について考慮に入れれば個人としての答えは容易に出る。
あと途中で薀蓄疲労してるやつを信用するのはやめた方がいい。あれ適当。
最終的に表記なんて筆者のこだわりに帰結するんだから字面の美しさとかで決めちゃってもいいんじゃないかね。
まあいくらこだわっても読者がどう読むかはわからんわけだがな。