>>542 = >>552 = >>562 です。

>>563, >>564
ありがとうございます。

同サーバ、別ドメイン(※)、別データベースでテストしてみたところ、
通常のWordPressのアップローダーの動きをしました。

ということは、運用中のデータベースがおかしいのでしょうか？
プラグイン、WP-DBManager で Optimize DB / Repair DB してみましたが変わりませんでした。

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※運用中のメインドメイン、www.example.com に sub.example.com を作りました。
CORESERVER の仕様上、
www.example.com は public_html/wp/ にあり、
sub.example.com は public_html/sub.example.com/wp/ となるので別ディレクトリと同様かと思います。
この注釈も変な言い回しかもしれません、すみません。