サクッと書いてみた。これを tools/set-superuser に置いて、

  $ perl set-superuser --name Melody --config ../mt-config.cgi

みたいに。自己責任でよろしく。

=====>>> ここから
#!/usr/bin/env perl

use lib 'lib', '../lib';
use strict;
use warnings;

use MT;
use MT::Author;
use Getopt::Long;


GetOptions('name=s', \my($name),
           'config=s', \my($config_file));
die "usage: $0 --name=AUTHORNAME [--config=CONFIG]"
    unless $name;

my $mt = MT->new(defined($config_file) ? (Config => $config_file) : ())
    or die MT->errstr;


my $it = MT::Author->load_iter({name => $name})
    or die "Load failed: " . MT::Author->errstr;

while (my $author = $it->()) {
    print "$name is superuser\n";
    $author->is_superuser(1);
    $author->save();
}
<<<===== ここまで