>>520
デザインテンプレート index.tpl の中に、

{$Entry.content|url2href}

という記述が裸で書かれていないでしょうか？

{if $Entry.input_format == "x"}
{$Entry.content|url2href}
{else}
{$Entry.content}
{/if}

のように if 文で囲んで書くと直るかも。
これでもリンクが化けたら、バグかも知れません。