公式ページにMTでの設定方法が下記のように書いてありますが、
mt-xmlrpc.cgiファイルがmtフォルダ内になくても
下記のような設定をすべきなんでしょうか?

  <Movable Typeでの設定方法>
  Movable Typeでは、Movable Typeを設定いている場所の最後をmt-xmlrpc.cgiに変更して登録します。
  http://Movable Typeを設定しているURL/mt/mt-xmlrpc.cgi