>>675
データベースとテーブルの意味を取り違えているのかと

さくらについては知らないのですが、私の利用しているサーバーでは、
データベースは１ユーザー１つのみ提供されています。
MTはデータベース単位で使います。

親データベース＞データベース＞テーブル
　　　　　　　　　　　　↑MTはここを使う

ユーザーに提供されるのはこのデータベースの部分なので、
MTをフォルダ別（データベース別）に分けるといったことは出来ないと思います。