化学式に違いは無くても、物理的な構成は違うだろう。

空気中の窒素は宇宙からの放射線で炭素C14に変えられる。
だから空気中には一定量のC14が含まれている。
C14は放射性だから、化石燃料などでは殆ど崩壊して消滅してしまう。
空気中のCO2を固定した植物由来なら残ってる。

だから分析すれば起源がどちらかはわかるはずだ。