Fedoraは実験的、先進的ディストリだからサーバ立てにはupdateが多すぎて
大変ではないかと。デフォルトはutf-8だからCGIで面倒だったりしませんか？

業務内容がどうであれ　会社なのでしょうから普通はサポートが必要な
ソフトを使うのではないかと。特に外向けサービスなのですから。
それだけ儲かるというのなら　Oracle ごとき安いでしょう