そこまでわかりにくいものじゃないと思うぞ

ある日、突然世界が滅びました
主人公はたまたまとある研究所に出かけてたので難を逃れました
世界で生き残ったのは主人公と、その研究所で働いていた数十人の研究員だけ
研究所の設備を使って、主人公は研究員の一人であるヒロインと二人、世界を滅亡させるきっかけとなった狂った過去に飛んで、過去を元に戻し、その原因となった大量の魔力を持つ聖杯を回収しました
それを繰り返して6つの聖杯を回収し、次は7つ目の聖杯がある過去に飛びます
7つ目の狂った過去は紀元前2600年、メソポタミアのウルクでした

だいたいこんな話

冒険物語だからこれだけ覚えとけばなんとかなるやろ
詳しく知りたかったら0とは別の昔やったFate/Grand Order -First Order- っていう短編見とくといいかもね
ゼロは主人公と会う前のヒロインの話
First Orderは最初の世界が焼却された時の話だから