>>36です
>>53の件ですが、やっぱりsystem/配下に
recovery-from-boot.pがあるとCWMが再起動後に元に戻るであってました。

このファイルをrecovery-from-boot.p-bak等にリネームするとCWMが焼けました。
海外フォーラムでもxoomやGNで同じような症状になった人がちらほらいるようです。

ちなみにrecovery-from-boot.pがある状態でbootコマンドでCWM起動して
カスタムROM焼いて再起動したらboot.imgが上書きできてなくてブートで止まるという罠がありました。

私はSC-04D(4.0.2)をsuperboot r4でroot権限取っただけなんですが、皆と何が違ったんだろう…。
ROM焼きスレの過去ログ見る限りだとこれになった人いないみたいだし謎です。
まぁとりあえずは解決したのでもし同じ事で詰まる人がいたら参考にしてくれればと思います。